Het departement Farmaceutische Wetenschappen maakt onderdeel uit van de faculteit Bètawetenschappen van de Universiteit Utrecht. De Universiteit Utrecht is georganiseerd in zeven faculteiten en een aantal bestuursdiensten. Deze staan onder leiding van het College van Bestuur en onder toezicht van de Raad van toezicht (Bestuur en Organisatie UU)

De faculteit Bètawetenschappen bestaat uit zes departementen en verschillende onderzoeksinstituten (Organisatie Bètawetenschappen). Het departement Farmaceutische Wetenschappen bestaat uit vijf afdelingen en heeft een departementsbestuur en een onderdeelsadviescommissie. Het onderzoek van deze afdelingen is georganiseerd binnen het Utrecht Institute for Pharmaceutical Sciences (UIPS). Het onderzoek en het onderwijs vallen binnen de centrale onderzoeksthema’s van deze vijf afdelingen:  Pharmacology, Pharmacoepidemiology, Biomolecular Mass Spectrometry, Chemical Biology en Pharmaceutics.

De verantwoordelijkheid voor het onderwijs ligt bij de verschillende Schools.  Het bacheloronderwijs van het departement Farmaceutische Wetenschappen valt onder de Undergraduate School of Science (UGS) ). De master Farmacie valt onder de School of Pharmacy en de master Drug Innovation onder de Graduate School of Life Science (GSLS).Elke school heeft zijn eigen onderwijscommissies. (zie intranet  voor de commissies van UGS en GSLS, en de internetpagina School of Pharmacy)

Het onderwijs van het departement Farmaceutische Wetenschappen valt dus onder verschillende Schools. De docenten van het departement Farmaceutische wetenschappen verzorgen onderwijs voor een drietal opleidingen. De verantwoordelijkheid voor de opleidingen ligt bij de Schools; het departement zorgt voor personeel en materieel krediet.
De bachelor Farmacie en het College of Pharmaceutical Sciences (CPS) vallen onder de verantwoordelijkheid van de UGS. De opleidingsdirecteur van de bachelor, Robbert Jan Kok, is eindverantwoordelijk voor beide opleidingen, in samenwerking met Lucianne Groenink de programmacoördinator van het CPS.
De School of Pharmacy (ScPh) is verantwoordelijk voor de kwaliteit van het masterprogramma Farmacie. De directeur (Renske van Gestel) wordt in het werk beleidsmatig ondersteund door de secretaris (Sanne Wiercx), tevens contactpersoon voor de ScPh. De directeur van de School is tevens opleidingsdirecteur van de masteropleiding Farmacie. De programmacoördinator (Marianne Verdel) verzorgt de dagelijkse gang van zaken binnen de opleiding. De programmacoördinator is de contactpersoon voor studenten en docenten van de masteropleiding Farmacie.
De master Drug Innovation, die valt onder de GSLS, heeft een programmaleider (Roos Masereeuw) en een programmacoördinator (Monique Slijper) .
Alle opleidingen worden ondersteund door het secretariaat van het onderwijsinstituut Farmacie en door de studiepunten van de afdeling Onderwijs- en Studentenzaken van de faculteit Bètawetenschappen.

Het onderwijsmanagementteam (OMT) van de opleiding bestaat uit de opleidingsdirecteur van de bachelor (tevens onderwijsdirecteur), de opleidingsdirecteur master Farmacie, de programmacoördinatoren van het CPS en Drug Innovation, de onderwijsmanager van het onderwijsinstituut, assessor II van de studieverening Unitas Pharmaceuticorum en een studentlid. Het OMT vergadert op regelmatige basis en coördineert het onderwijs en zorgt voor de afstemming van de verschillende opleidingen.

Onderwijs & Studentenzaken van de Faculteit Bètawetenschappen zorgen voor de ondersteuning van het onderwijs. Er zijn studiepunten en studieadviseurs voor studenten per opleiding binnen de faculteit. Studieadviseurs werken samen met docenten en tutoren inzake het monitoren van studievoortgangsgegevens, rapportage van eventuele klachten/knelpunten, coördinatie van het tutoraat en studentmentoraat en de ontwikkeling en onderhoud van het opleidingsbeleid. Via de website vind je de namen van de contactpersonen en studieadviseurs voor de verschillende opleidingen van Farmaceutische Wetenschappen.